School Days es una serie de género shojo y gore que narra los sinsabores enamoramientos de Makoto quien ha estado interesado por una chica que había visto en el tren. El nombre de la chica es Kotonoha Katsura, y Makoto incluso se tomo una foto con ella con su teléfono celular.
Tiempo después comienza el inicio escolar y Makoto va al aula que le fue asignada. Se encuentra con su amiga Sekai Saionji, quien ve la foto que de Kotonoha. Siendo vecinos en el salón, Sekai le ofrece su ayuda para salir con la chica, proposición a la cual Makoto acepta muy agradecido. Sekai lleva a Makoto al techo de la escuela y le comenta como se ha hecho amiga de Kotonoha, ella le explica que lo hizo durante las clases de gimnasia, sin embargo poco después descubre que a Kotonoha le gusta alguien, pero no evita que los invite al almuerzo para que puedan conocerse.
Ya en la noche, Makoto llama a Sekai y le agradece por su ayuda, siendo esa la primera vez que habló con Kotonoha y decide que en su próximo encuentro le confesará sus sentimientos a Kotonoha, Sekai le desea silenciosamente muy buena suerte tras colgar el teléfono. A la mañana siguiente, Kotonoha y Makoto se encuentran en la estación y él tiene algo que decirle... Más tarde, Sekai descubre que Kotonoha aceptó los sentimientos que Makoto le confesó esa mañana.
Sekai se siente triste sabiendo que sus sentimientos no son correspondidos ya que le gusta otra persona. Kotonoha, sin embargo, le revela que la persona que le gusta no es otro que el mismo Makoto. Kotonoha le agradece a Sekai por su ayuda y como debido a su intervención supo los verdaderos sentimientos de Makoto que siempre la observaba en el tren.
En la tarde, acabadas las clases, Sekai se encuentra con Makoto quien está esperando a Kotonoha para que ambos salgan en una cita formal, Sekai no pierde tiempo en reclamar su pago y le roba un beso, mientras el tren llega a la estación. Makoto se encuentra en shock, Kotonoha llega poco después feliz a su cita con Makoto. Con los tres personajes principales llevando diversas expresiones en sus caras, la historia comienza desde aquí.